W dodatku System Rift trafiamy do Pragi, gdzie na wykonanie czeka zupełnie nowa misja. Adam Jensen podejmuje się zadania zleconego przez dawnego partnera – Franka Pritcharda – któremu był winien „przysługę”. Jak się okazuje, polega ona na infiltracji miejscowego banku danych. W trakcie rozgrywki gracz ma okazję poznać bliżej zupełnie nowe postacie, na czele z hakerką o pseudonimie ShadowChild, znaną z trybu Breach. Sama fabuła obfituje w liczne zwroty akcji.