A Criminal Past jest prequelem Deus Ex: Mankind Divided, otrzymujemy więc historię, której akcja osadzona została przed wydarzeniami z tej gry. DLC opowiada o jednej z pierwszych misji, jakich Adam Jensen podjął się dla organizacji Task Force 29, czyli specjalnej sekcji Interpolu powołanej do walki z terroryzmem. Jensen musi działać pod przykrywką jako więzień wysłany do zakładu karnego, stworzonego specjalnie z myślą o niebezpiecznych przestępcach z cyberwszczepami. Jego zadaniem jest odkrycie, co stało się z operującym na terenie placówki agentem Task Force 29, z którym niedawno utracono kontakt.

W dodatku System Rift trafiamy do Pragi, gdzie na wykonanie czeka zupełnie nowa misja. Adam Jensen podejmuje się zadania zleconego przez dawnego partnera – Franka Pritcharda – któremu był winien „przysługę”. Jak się okazuje, polega ona na infiltracji miejscowego banku danych. W trakcie rozgrywki gracz ma okazję poznać bliżej zupełnie nowe postacie, na czele z hakerką o pseudonimie ShadowChild, znaną z trybu Breach. Sama fabuła obfituje w liczne zwroty akcji.